瑞士oligo DNA核酸快速脱保护基反应器——DNA氨解仪

瑞士oligo dna核酸快速脱保护基反应器——dna氨解仪是为有效制备生物样品而设计的,用于pcr引物、探针和组分生产,dna测序、dna和rna合成、随机启动、载体设计、dna指纹和人工基因合成。是dna/rna/寡核苷酸脱保护基快捷稳定的解决方案。反应可直接在96位样品架上进行,如“深井”板。6-10个样品架可用于10升压力反应器。因此,操作工作量大大缩短。样品被填充不同的板,例如带有过滤底座、特殊盖等,通过设计的电动升降系统,在反应中和反应后自动移出压力容器进行干燥。在开启和关闭过程中,会抽走腐蚀性反应气体,确保实验室人员的*安全。与样品的反应发生在气相的压力和微波效应下。高气相浓度会在几分钟内引起*均匀的反应。在系统中,所有操作参数均一直根据程序条件进行控制,并以图形方式记录和存储以进行质量控制。在整个过程中,液体试剂以及气相中的压力和温度是被控制的。这确保了样品的完整、可重复和均匀反应,以便随后分离出选择性dna序列。*的10升反应器容量为*的样品吞吐量提供了新的可能性。
瑞士oligo dna核酸快速脱保护基反应器——dna氨解仪应用:
食品工业
研究机构
大学
分子生物学
遗传学
合成生物学
医学
瑞士oligo dna核酸快速脱保护基反应器——dna氨解仪特点:
反应器容量:10升容量
样品数量:6至10个,每个样品有96位。
温度范围:*200°c
功率输出:1200瓦
符合ce标志
保修12个月
电源:220 v至240 v/50/60 hz
*功耗:2500瓦
显示屏:彩色触摸屏
尺寸:w x d x h 52 x 73 x 123厘米(无终端)
重量:180公斤
dna化学合成固有的错误率较高,片段越长越是如此,挑选序列正确的克隆所花费的时间和金钱比dna合成要多去了。挑克隆着实花费了无数学生们的不少好时光。所以,大家的选择标准也从价格渐渐回归到质量。各厂家之间,从过去拼价格,拼速度,到如今,拼的是纯化质量了。
说起dna合成,几位前辈师兄师姐们犹会提起上世纪90年代世行dai款买仪器,好些单位甚至医院都赶时髦买了dna合成仪,买回来才发现自己那点合成需求和费用,委实买得起用不起,那昂贵的设备成了摆设。彼时国外dna合成虽然质量好纯度高,可寄回来海关不好过,时间上实在伤不起,幸亏国内迅速崛起的几家dna定制合成供应商,以到货速度快和价格优势渐渐占据了低端市场,对于实验室来说,dna定制合成于是变成了发传真+等收货那么简单的事。
也没那么简单。dna化学合成固有的错误率较高,片段越长越是如此,挑选序列正确的克隆所花费的时间和金钱比dna合成要多去了。挑克隆着实花费了无数学生们的不少好时光。所以,大家的选择标准也从价格渐渐回归到质量。各厂家之间,从过去拼价格,拼速度,到如今,拼的是纯化质量了。不纯化,page纯化,hplc纯化,到反相纯化,有多大区别?纯化过的dna oligo是不就去除了全部错误序列呢?我们得先从dna合成的错误成因谈起:
1. 内部缺失(n-1,n-2 etc)产物。这是化学合成dna zui普遍与zui主要的限制因素,且不能通过纯化dna oligo来解决这个问题。化学合成dna不及活细胞内dna复制具有高保真性,在活细胞内,存在大量的校正与修复系统,将碱基突变率降低至1/(1×106)以下。pcr反应也具有较高的保真度,例如:错误率在1/1000——1/10000,并且还可通过dna 聚合酶的性能提高保真度。但是化学合成dna不同,每单个合成循环的错误率约为1/100,随碱基数目增加而增加。其原因包括:
(1)dna oligo的化学合成是碱基与碱基之间通过化学反应偶联而成,而化学反应的偶联效率一般在99%左右,也就是说,在每次进行偶联反应时,都会有1%的dna片段附加不上新的碱基,对这种截断的失败序列,为了防止其参与后续的偶联反应,采用capa与capb进行化学封闭,以阻断其延伸,但化学封闭反应的效率不可能达到100%。导致出现合成失败的dna片段或截断序列残留在合成的dna粗制品中。
(2)dna oligo的不*脱保护。寡核苷酸的*脱保护包括从磷酸酯基团、碱基上的环外氨基和5′-oh部分上去掉保护基团。脱保护的化学反应效率不可能达到100%,未脱保护的碱基无法参加偶联反应而导致dna oligo内部缺失碱基。
(3)不断延长的dna链与不断累积的副产物会干扰dna oligo的化学合成。
对于以上三方面问题,至今为止还没有找到一个的解决方案。因为延长盖帽时间也不能保证封闭反应效率达到100%;而对于脱保护反应来说,增加脱保护试剂量及延长脱保护时间又会导致dna oligo脱嘌呤。因此只能采取折衷方法将不*脱保护与脱嘌呤同时控制在低水平上。内部缺失碱基的截断序列绝不可能100%去除干净,对于几种纯化方法来说,opc或hplc不可能去除内部缺失碱基的截断序列,的方法是通过page纯化降低截断序列数量。
2. 单核苷酸的插入是存在于目的dna oligo产物中的另一种常见的序列错误。
当同一dna oligo分子中存在g-偶联或单碱基插入(n+1)同时又存在单碱基缺失(n-1)时,此条dna oligo的长度与目的dna分子的长度相同,因此无法通过opc 、hplc或page纯化将此“失败序列”去除。 dna oligo化学合成存在的这些弊端曾被hecker kh与rill r报道过(error analysis of chemically synthesized polynucleotides. biotechniques,1998 feb;24:256-260)。在这篇文章中,作者合成并page纯化了长链dna oligo,用它们进行pcr克隆,然后测序鉴定了10个克隆,发现存在7个单碱基缺失,一个连续的4个碱基缺失,一个g-c替换。除了这些碱基错误,其它学者还曾报道存在g-偶联、分支及其n+x产物。
为了解决上述碱基出错的问题,首先要优化化学合成方法来提高dna oligo的纯度,并且对dna oligo粗制品进行纯化,虽然无论哪种纯化方式都不能保证去除错误序列,但能改善产品的纯度,进而提高实验的成功率。oligo的纯化方式常见的有脱盐、opc、page和hplc。脱盐只能去除氨、盐等杂质,而不能有效去除合成过程中产生的短片段,因此一般只能用于普通的pcr反应和测序。hplc和page纯化得到的纯度很高,但只能进行手工操作,相当费时费力。opc不仅能去除短片段,当dna oligo的长度在40 bases以内,其纯度与hplc或page纯化的纯度相当,而且由于简便、快捷,能进行高通量(high-throughput)和自动化(automation)操作,因而受到很多dna合成公司的青睐。
但opc纯化也有一个缺点,就是在操作过程中需要一种弱酸脱掉dmt基团,而dna oligo在酸性条件下容易脱嘌呤(depurination)。对于脱嘌呤后的碱基,dna聚合酶不能识别,可能导致pcr扩增后出现碱基缺失或错配。因此,有些公司不*opc纯化用于克隆、突变、基因合成等实验。
一般来说,不同厂家的合成方法其实并没有什么大的本质的区别,只是有一些经验的积累和技巧。比如脱保护剂浓度的选择很重要,太低脱保护不*,太高又增加脱嘌呤的机率,还有如何优化程序,使盖帽更充分、更*等等…。纯化方式的选择,一般说来修饰标记要用hplc纯化,长链要用page 纯化,但这两种纯化方式都非常费时耗力。
瑞士oligo dna核酸快速脱保护基反应器——dna氨解仪是为有效制备生物样品而设计的,用于pcr引物、探针和组分生产,dna测序、dna和rna合成、随机启动、载体设计、dna指纹和人工基因合成。是dna/rna/寡核苷酸脱保护基快捷稳定的解决方案。反应可直接在96位样品架上进行,如“深井”板。6-10个样品架可用于10升压力反应器。因此,操作工作量大大缩短。样品被填充不同的板,例如带有过滤底座、特殊盖等,通过设计的电动升降系统,在反应中和反应后自动移出压力容器进行干燥。在开启和关闭过程中,会抽走腐蚀性反应气体,确保实验室人员的*安全。与样品的反应发生在气相的压力和微波效应下。高气相浓度会在几分钟内引起*均匀的反应。在系统中,所有操作参数均一直根据程序条件进行控制,并以图形方式记录和存储以进行质量控制。在整个过程中,液体试剂以及气相中的压力和温度是被控制的。这确保了样品的完整、可重复和均匀反应,以便随后分离出选择性dna序列。*的10升反应器容量为*的样品吞吐量提供了新的可能性。
瑞士oligo dna核酸快速脱保护基反应器——dna氨解仪应用:
食品工业
研究机构
大学
分子生物学
遗传学
合成生物学
医学
瑞士oligo dna核酸快速脱保护基反应器——dna氨解仪特点:
反应器容量:10升容量
样品数量:6至10个,每个样品有96位。
温度范围:*200°c
功率输出:1200瓦
符合ce标志
保修12个月
电源:220 v至240 v/50/60 hz
*功耗:2500瓦
显示屏:彩色触摸屏
尺寸:w x d x h 52 x 73 x 123厘米(无终端)
重量:180公斤
dna化学合成固有的错误率较高,片段越长越是如此,挑选序列正确的克隆所花费的时间和金钱比dna合成要多去了。挑克隆着实花费了无数学生们的不少好时光。所以,大家的选择标准也从价格渐渐回归到质量。各厂家之间,从过去拼价格,拼速度,到如今,拼的是纯化质量了。
说起dna合成,几位前辈师兄师姐们犹会提起上世纪90年代世行dai款买仪器,好些单位甚至医院都赶时髦买了dna合成仪,买回来才发现自己那点合成需求和费用,委实买得起用不起,那昂贵的设备成了摆设。彼时国外dna合成虽然质量好纯度高,可寄回来海关不好过,时间上实在伤不起,幸亏国内迅速崛起的几家dna定制合成供应商,以到货速度快和价格优势渐渐占据了低端市场,对于实验室来说,dna定制合成于是变成了发传真+等收货那么简单的事。
也没那么简单。dna化学合成固有的错误率较高,片段越长越是如此,挑选序列正确的克隆所花费的时间和金钱比dna合成要多去了。挑克隆着实花费了无数学生们的不少好时光。所以,大家的选择标准也从价格渐渐回归到质量。各厂家之间,从过去拼价格,拼速度,到如今,拼的是纯化质量了。不纯化,page纯化,hplc纯化,到反相纯化,有多大区别?纯化过的dna oligo是不就去除了全部错误序列呢?我们得先从dna合成的错误成因谈起:
1. 内部缺失(n-1,n-2 etc)产物。这是化学合成dna zui普遍与zui主要的限制因素,且不能通过纯化dna oligo来解决这个问题。化学合成dna不及活细胞内dna复制具有高保真性,在活细胞内,存在大量的校正与修复系统,将碱基突变率降低至1/(1×106)以下。pcr反应也具有较高的保真度,例如:错误率在1/1000——1/10000,并且还可通过dna 聚合酶的性能提高保真度。但是化学合成dna不同,每单个合成循环的错误率约为1/100,随碱基数目增加而增加。其原因包括:
(1)dna oligo的化学合成是碱基与碱基之间通过化学反应偶联而成,而化学反应的偶联效率一般在99%左右,也就是说,在每次进行偶联反应时,都会有1%的dna片段附加不上新的碱基,对这种截断的失败序列,为了防止其参与后续的偶联反应,采用capa与capb进行化学封闭,以阻断其延伸,但化学封闭反应的效率不可能达到100%。导致出现合成失败的dna片段或截断序列残留在合成的dna粗制品中。
(2)dna oligo的不*脱保护。寡核苷酸的*脱保护包括从磷酸酯基团、碱基上的环外氨基和5′-oh部分上去掉保护基团。脱保护的化学反应效率不可能达到100%,未脱保护的碱基无法参加偶联反应而导致dna oligo内部缺失碱基。
(3)不断延长的dna链与不断累积的副产物会干扰dna oligo的化学合成。
对于以上三方面问题,至今为止还没有找到一个的解决方案。因为延长盖帽时间也不能保证封闭反应效率达到100%;而对于脱保护反应来说,增加脱保护试剂量及延长脱保护时间又会导致dna oligo脱嘌呤。因此只能采取折衷方法将不*脱保护与脱嘌呤同时控制在低水平上。内部缺失碱基的截断序列绝不可能100%去除干净,对于几种纯化方法来说,opc或hplc不可能去除内部缺失碱基的截断序列,的方法是通过page纯化降低截断序列数量。
2. 单核苷酸的插入是存在于目的dna oligo产物中的另一种常见的序列错误。
当同一dna oligo分子中存在g-偶联或单碱基插入(n+1)同时又存在单碱基缺失(n-1)时,此条dna oligo的长度与目的dna分子的长度相同,因此无法通过opc 、hplc或page纯化将此“失败序列”去除。 dna oligo化学合成存在的这些弊端曾被hecker kh与rill r报道过(error analysis of chemically synthesized polynucleotides. biotechniques,1998 feb;24:256-260)。在这篇文章中,作者合成并page纯化了长链dna oligo,用它们进行pcr克隆,然后测序鉴定了10个克隆,发现存在7个单碱基缺失,一个连续的4个碱基缺失,一个g-c替换。除了这些碱基错误,其它学者还曾报道存在g-偶联、分支及其n+x产物。
为了解决上述碱基出错的问题,首先要优化化学合成方法来提高dna oligo的纯度,并且对dna oligo粗制品进行纯化,虽然无论哪种纯化方式都不能保证去除错误序列,但能改善产品的纯度,进而提高实验的成功率。oligo的纯化方式常见的有脱盐、opc、page和hplc。脱盐只能去除氨、盐等杂质,而不能有效去除合成过程中产生的短片段,因此一般只能用于普通的pcr反应和测序。hplc和page纯化得到的纯度很高,但只能进行手工操作,相当费时费力。opc不仅能去除短片段,当dna oligo的长度在40 bases以内,其纯度与hplc或page纯化的纯度相当,而且由于简便、快捷,能进行高通量(high-throughput)和自动化(automation)操作,因而受到很多dna合成公司的青睐。
但opc纯化也有一个缺点,就是在操作过程中需要一种弱酸脱掉dmt基团,而dna oligo在酸性条件下容易脱嘌呤(depurination)。对于脱嘌呤后的碱基,dna聚合酶不能识别,可能导致pcr扩增后出现碱基缺失或错配。因此,有些公司不*opc纯化用于克隆、突变、基因合成等实验。
一般来说,不同厂家的合成方法其实并没有什么大的本质的区别,只是有一些经验的积累和技巧。比如脱保护剂浓度的选择很重要,太低脱保护不*,太高又增加脱嘌呤的机率,还有如何优化程序,使盖帽更充分、更*等等…。纯化方式的选择,一般说来修饰标记要用hplc纯化,长链要用page 纯化,但这两种纯化方式都非常费时耗力。

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